El Club Natació Barcelona va introduir el waterpolo a Espanya, celebrant el primer partit contra els tripulants d’un vaixell anglès ancorat al port de Barcelona l’any 1908.

​

El CNB va inspirar la creació del Comitè Olímpic Espanyol i el 1920 va fundar les Federacions Catalana i Espanyola de Natació. Aquell any es van disputar els Jocs Olímpics d’Anvers i l’equip de waterpolo del CNB va representar a Espanya. En la seva primera participació en uns Jocs, el combinat espanyol va finalitzar en cinquena posició.

​

Un dels components d’aquell equip, Enrique Granados Cal, es va convertir poc després, ja com entrenador del CNB, en l’introductor del “crol” a Espanya. Granados va descobrir aquest estil al veure’l practicar als nedadors nord-americans que competien en aquests Jocs.

​

Del CNB n’han sorgit 160 esportistes olímpics. Un dels més destacats és el waterpolista Manel Estiarte, proclamat 7 vegades millor jugador del món, internacional amb Espanya en 580 ocasions i participant en 6 Olimpíades, el qual va formar part del Club entre el 1979 i el 1985.

​

La secció de waterpolo és la més llorejada d’Espanya amb 1 Copa i 1 Supercopa d’Europa, 2 Copes LEN, 59 Lligues i 8 Copes del Rei espanyoles, entre d’altres títols.

​

En l’actualitat, l’equip absolut de waterpolo lluita per estar entre els primers llocs de la Lliga Nacional. Els equips de categories base se situen en els primers llocs de la classificació de les seves respectives lligues catalanes, així com dels campionats de Catalunya i d’Espanya.

​

A més, el CNB és el creador i organitzador del torneig internacional BCN WP Under 10, una de les competicions més importants de categoria benjamina a nivell internacional.